谈到B2B电子商务网站的模式，大家首先想到的是类似于阿里巴巴、CA买卖网、慧聪网、国联资源网等为企业发布供求信息或撮合交易的第三方B2B平台，其实，这只是其中的一种模式而已，大型企业自营的B2B平台、垂直行业B2B网站也是B2B电子商务的模式。不同类别的B2B网站模式有自己本身的特点和运作方式。
1、大型企业自营的B2B网站
大型企业自营的B2B网站是指大型企业为了提高效率，减少库存，降低采购、销售等方面的成本，或者其它原因，企业和它的用户或供应商之间的交易通过互联网来完成，为此建立的B2B网站。这种模式的B2B网站比较少，只有大型企业才有，比如Cisco。
相对于第三方B2B网站来说，这种模式的B2B网站才实现了真正意义上的电子商务：企业间商务活动的绝大多数环节都可以通过网络进行，如供求信息的发布与交易的协商、电子单据的传输、网上支付与结算、货物配送以及售后服务等。事实上，大型企业自建的B2B网站的交易额在全部企业间电子商务交易总额中占支配地位。
Cisco公司是全球最大的互联网络连接设备提供商，早在1991年开始采用“Pre-Web”系统，借助互联网络提供电子支持服务，1996年7月，经过重新改造、设计的Cisco网站实现了客户通过网络直接订货。这种B2B网站给Cisco公司带来了极大利润和竞争力，估计在线销售每年可以节省3.63亿美元，而Cisco公司的网上销售额每年增长可高达60%以上。
2、垂直行业型B2B网站
垂直行业型B2B网站是定位在某个行业内企业间电子商务的网站，也被称为垂直门户或者行业门户网站，它是第三方B2B平台的一个分类，其特点是专业性强，并通常拥有该行业资源的背景，更容易集中行业资源，吸引行业生态系统内多数成员的参与，同时也容易引起国际采购商和大宗买主的关注。总的来说，垂直B2B网站在某个行业的专业性方面，优胜于综合型B2B网站，因此，垂直型B2B网站的发展得到了很大的进步，并逐渐受到企业的青睐。
3、第三方经营的B2B网站
第三方经营的B2B网站是指由第三方建设的，为广大大中小企业提供信息发布或撮合交易的B2B平台，例如CA买卖网，是为买卖双方提供信息发布平台，促成交易机会，并可通过网站上的电子网照功能实现企业开展线上经营活动所需的包括供求信息发布、在线洽谈、电子合同、网上保付、网上物流等交易全流程。
第三方B2B平台也可称为信息平台型网站，对企业的价值主要表现为：增加市场机会、比较供货渠道、促成项目合作、企业品牌宣传等。
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